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9
Investigadores del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) en el Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC) han puesto a disposición de la comunidad científica mundial una herramienta de computación que rastrea bases de datos y pone en común múltiples fuentes de información sobre el coronavirus SARS-CoV-2, causante de la pandemia de COVID-19.
Integra la información en un entorno interactivo tridimensional a escala atómica. Los investigadores podrán navegar entre estructuras y características.
Esta nueva herramienta de análisis, llamada 3DBionotes-COVID, integra toda esa información en un entorno interactivo tridimensional a nivel atómico. Según sus creadores, esta aplicación pone de manifiesto el papel esencial de las infraestructuras de investigación del Foro Estratégico Europeo (ESFRI) y de la participación española en ellas, puesto que su desarrollo nace de la confluencia en el CNB-CSIC de dos de estas grandes infraestructuras, Instruct (en el marco de la biología estructural) y ELIXIR (en bioinformática), de las que España es socio.
La aplicación se encuentra disponible tanto desde el CNB-CSIC como desde los nodos españoles de Instruct y de Elixir.
Tal y como explica el profesor del CSIC Jose María Carazo, a cargo de este proyecto, 3DBionotes-COVID 19 accede a bases de datos donde se encuentran diversos modelos atómicos de las proteínas virales, experimentales o sugeridos computacionalmente, al mismo tiempo que a múltiples bases de datos sobre características de las proteínas que participan en estos modelos atómicos.
El objetivo, dice Carazo, “es que el investigador siempre pueda navegar entre estructuras y características, pudiendo hacer interactivamente minería de datos en un espacio complejo y multi dimensional”.
Información de múltiples archivos
Aunque, naturalmente, la mayor parte de la búsqueda de información se realiza de forma automática, el caso de COVID-19 es tan singular que los investigadores del CNB-CSIC han tenido que integrar de forma manual información contenida en archivos diversos, como los generados por el Centro Nacional de Datos Genómicos Chino.
3DBionotes-COVID-19 también contiene información sobre experimentos de unión entre proteínas virales y pequeñas moléculas que puedan ser, en el futuro, precursores de los tan deseados antivirales.
“Lo que pretendemos al crear 3DBionotes-COVID es ayudar a la comunidad científica internacional a entender mejor toda la información sobre COVID-19 que se está generando mundialmente a un ritmo vertiginoso. Especialmente, aquella que solo se comprende en su integridad si se relaciona con la estructura atómica de sus componentes. En otras palabras, 3DBionotes-COVID-19 reducirá el riesgo de generar información y no darnos cuenta de lo que significa, ayudándonos a interpretarla en su contexto estructural”, indica Carazo.
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