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La presencia de los coronavirus como agentes patógenos humanos es muy reciente, aislándose por vez primera en los años 60, en unas muestras obtenidas del tracto respiratorio de personas que presentaban un típico catarro estacional. No obstante, de acuerdo a las investigaciones realizadas por Joel Wertheim, profesor de Medicina de la Universidad de California en San Diego (Estados Unidos), estos coronavirus presentan un ancestro común identificado en el siglo IX a. C., hace 10 000 años, siendo probable incluso que las primeras muestras de coronavirus hayan existido millones de años antes.
De las cuarenta y cinco especies de coronavirus registradas y descritas hasta ahora en el mundo, solamente hay siete que son patógenas e infectan a los humanos. De estas siete variedades, hay cuatro, los alfacoronavirus HCoV-229E (descubierto en 1966) y el HCoV-NL63 (descubierto en 2003) y los betacoronavirus HCoV-OC43 (descubierto en 1967), y el HCoV-HKU1 (descubierto en 2005), que son muy comunes estando presentes en el resfriado común, y estando la mayoría de la población mundial inmunizada contra ellos.
De estas siete variedades, las otras tres variedades de coronavirus patógenas más peligrosas, por su poder de infección, su alta carga viral y su letalidad para el humano se detectaron hace tan solo 20, 9 y 2 años respectivamente, no estando todavía hoy la raza humana inmunizada contra ellos.
El primero de estos coronavirus patógenos peligrosos en detectarse fue el SARS-CoV, causante del “Síndrome Respiratorio Agudo Severo”, que apareció en el sur de China en noviembre del 2002 e infectó a más de 8 400 personas en 26 países de Asia, Europa y América, causando más de 800 muertos, lo que implica una letalidad del 9,6 %. El segundo en aparecer fue el MERS-CoV, que comparte con el anterior coronavirus su genoma en un 80 %, y que se detectó en Oriente Medio en el 2012 provocando el “Síndrome Respiratorio del Oriente Medio” extendiéndose a 27 países de Asia, Europa, África y Norte América, infectando afortunadamente a tan solo 2 500 personas debido a su altísima letalidad del 34,5 % que acabó con su existencia. El tercero en aparecer ha sido este coronavirus que ahora tenemos, el SARS-CoV-2, que se descubrió y aisló en diciembre de 2019 en Wuhan, China y que lleva infectando a más de 272 millones de personas en el mundo provocando más de 5 millones de muertos.
«Una de las características del SARS-COV es que su secuencia de ARN es de aproximadamente treinta mil nucleótidos de longitud, lo que implica que es un virus muy grande con mucha posibilidad de mutaciones durante su replicación viral»
Este nuevo coronavirus SARS-CoV-2, es un betacoronavirus como el HCoV-OC43, y HCoV-HKU1, y tiene como características el ser un virus ARN monocatenario positivo, lo que implica que es un virus que contiene como material genético ácido ribonucleico (ARN) de cadena sencilla de sentido positivo siendo idénticos al ARNm del huesped y por lo tanto pueden ser inmediatamente traducidos por la célula huésped replicándose sin usar ADN intermedio. Otra de sus características es que su secuencia de ARN es de aproximadamente treinta mil nucleótidos de longitud, lo que implica que es un virus muy grande con mucha posibilidad de mutaciones durante su replicación viral. Estos virus tienen genes para las proteínas estructurales, la S pico, la M proteína de matriz que une la envoltura con el núcleo vírico, la N nucleocápside y los ORF (open reading frame), secuencias de ARN comprendida entre el codón de inicio de la traducción, que son tres nucleótidos (adenina-uracilo-guanina) y el codón de terminación, que codifica proteínas no estructurales incluyendo las enzimas que aparecen durante su ciclo reproductivo.
De este coronavirus SARS-Cov-2 desde su aparición en 2019 han existido múltiples mutaciones y variantes. Unas variantes han sido denominadas “variantes de preocupación” (VOC) llamadas así por la OMS por presentar uno o más de los siguientes cambios que afectan de forma significativa a la salud pública a nivel global como: aumento de la transmisibilidad; Interferencia con las pruebas de diagnóstico; Evidencia de susceptibilidad menor a una o más clases de tratamientos; Evidencia de neutralización significativamente menor por los anticuerpos generados durante una infección previa o la vacunación; Aumento de la virulencia; Presentar un cambio en la manifestación clínica de la enfermedad con evidencia de una menor protección inducida por la vacuna ante enfermedades graves, y/o evidencia de mayor gravedad de la enfermedad. Otras variantes en su lugar han sido denominadas solo “variantes de interés” (VOI), siendo aquellas cuyo genoma presenta mutaciones que han sido identificadas como causa de transmisión comunitaria o detectadas en varios países, sin más implicaciones epidemiológicas o clínicas.
De las “variantes de preocupación” las cinco más importantes son la alpha (B.1.1.7), beta (B.1.351), gamma (P.1) y delta (B.1.617.2), identificadas por primera vez, respectivamente en Reino Unido, Sudáfrica, Brasil y India; y la actúal ómicron (B.1.1.529) detectada también en Sudáfrica.
La variante alpha presentaba como preocupante la mutación N501Y (cambio de aminoácido asparagina a tirosina) que contribuía a hacer que el virus se propagara más fácilmente. No obstante, la secuenciación genómica también demostró una mutación de parada Q27 que volvía inactiva la proteína ORF8 y se asociaba afortunadamente con una sintomatología mas leve y una menor mortalidad. La variante beta presentaba también mutaciones en el dominio de unión al receptor (RBD) en la glicoproteína S de pico del virus. Persistía con la mutación N501Y y presentaba además la mutación E484K (cambio de aminoácido ácido glutámico a lisina) que teóricamente podría afectar a la respuesta de anticuerpos producida por nuestro organismo. La variante Gamma que presentaba 17 cambios de aminoácidos, diez de ellos en la proteína pico S siendo los más preocupantes las mismas mutaciones N501Y y E484K de la variante beta y la mutación K417T (cambio de aminoácido lisina a treonina).
La variante Delta una variante con 15 mutaciones, siendo las más importantes la T19R, G142D, del 156-157, R158G, junto con otras más preocupantes como la mutación D614G (sustitución en la posición 614 del ácido aspártico a la glicina, presente en las variantes alpha, beta y gamma), la mutación T487K (cambio de aminoácido treonina por lisina); la mutación P681R (cambio de prolina a arginina que facilita la escisión de la espícula en su configuración S1/S2); la mutación E484Q (cambio de ácido glutámico a glutamina, que confiere un mayor potencial de unión a las ACE2, así como una mejor capacidad para evadir el sistema inmunológico del huésped) y la mutación L452R (cambio de leucina a arginina que proporciona una mayor afinidad de la proteína S a las células ACE2 y una menor capacidad de reconocimiento del sistema inmune). Mutaciones que ayudan a la variante a propagarse más fácilmente.
¿Qué sabemos de esta nueva variante Ómicron?
Esta variante Ómicron de la que no se sabe realmente con certeza todavía su origen, a nivel científico no se explica muy bien cómo es posible que esta variante sea tan distinta de las variantes anteriores del coronavirus. Siendo la evolución del coronavirus un proceso gradual lento, es raro que esta variante no sea descendiente directa de la variante delta que ha predominado en el mundo en los últimos meses. Tampoco desciende de la alfa, identificada por primera vez en Gran Bretaña, que había predominado en los meses anteriores. El análisis del genoma de ómicron revela que desciende del coronavirus que circulaba en la especie humana hace aproximadamente un año. En su origen se especula con tres posibles escenarios: El primero afirma que es posible que no se haya detectado antes porque su transmisión puede que se haya limitado a una población africana donde no se realizan muchas secuenciaciones genómicas.
El segundo escenario sería que esta variante se haya desarrollado en una persona inmunodeprimida de manera lenta ya que, si una persona se contagia y se cura en pocos días, el virus apenas tiene tiempo de evolucionar. Pero si la infección se prolonga durante meses, lo cual puede ocurrir en personas inmunodeprimidas que no consiguen eliminar el virus del organismo, puede ir acumulando mutaciones. El tercer escenario, mucho menos probable, sería que, supuestamente el coronavirus después de pasar hipotéticamente en diciembre de 2019 de murciélagos u otro animal a personas, se transmitiera de nuevo de personas a otra especie y de esa especie de nuevo a humanos.
¿Por qué Ómicron es preocupante?
Lo que sí sabemos es que la Organización Mundial de la Salud (OMS) fue informada sobre su existencia desde Sudáfrica el 24 de noviembre. A esta variante sudafricana se le denominó B.1.1.529 (nomenclatura técnica) y presenta 50 mutaciones, de ellas 32 en la proteína de pico o S, (comparativamente la variante delta, tenía solo siete mutaciones en la espícula S). Mutaciones: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, Q493R, G496S, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F. Sobre todo tiene mutaciones peligrosas en la espícula S: como la mutación E484A (cambio de aminoácido acido glutámico a alanina) que se ha asociado con el escape inmune. También tiene mutaciones de los aminoácidos Q498R (cambio de aminoácido glutamina a arginina) y N501Y (cambio de aminoácido asparagina a tirosina) que se asocian “in vitro” con un incremento de la afinidad de unión al receptor ACE2. Esta mutación ya estaba presente en las variantes anteriores beta, gamma. Presenta también mutaciones en el dominio N-terminal, que pueden desempeñar funciones clave en la unión de ACE2 y en el reconocimiento de anticuerpos.
Tiene además mutaciones en la proteína de envoltura T91, y en la proteína de membrana: D3G, Q19E y A63T. Presenta tres mutaciones en el lugar de escisión de la S1-S2 por la furina, asociado con un aumento de la transmisibilidad de la infección. Presenta además una deleción de 3 aminoácidos en ORF1a: L3674-, S3675-, y G3676- (leucina, serina y glicina respectivamente) que sugieren una potencial evasión de una respuesta inmune innata. También presenta mutaciones en la Nucleocapside: la P13L, Δ31-33, R203K, G204R, y sobre todo la mutación R203K (cambio de aminoácido arginina a lisina) y la mutación G204R (cambio de aminoácido glicina a arginina) relacionados en el aumento de la expresión de ARN subgenómico y aumentó en la carga viral.
Por todo esto se considera y cataloga a nivel mundial como “variante preocupante” ya que reúne bastantes de los requisitos necesarios para su inclusión como son: aumento de la transmisibilidad; aumento de la virulencia o cambio en la presentación clínica de la enfermedad; disminución de la eficacia de las medidas sociales de mascarilla, distancia y ventilación; disminución de la eficacia de las pruebas diagnósticas, disminución del efecto de las vacunas y tratamientos disponibles.
En estos momentos se sabe que esta variante presenta una mayor infectividad y una mayor transmisibilidad y por lo tanto es más contagiosa (unas 70 veces más que la anterior variante delta) y se está investigando si por sus características moleculares y bioquímicas con los cambios de aminoácidos que presenta, puede llegar a producir mayor carga vírica y una enfermedad más grave y si tiene un impacto negativo en la eficacia de las “vacunas” existentes.
El hecho de ser mas transmisible debido a sus cambios bioquímicos a nivel de aminoácidos es algo epidemiologicamente demostrable desde el principio de su aparición con un incremento documentado de un 321 % de casos en una semana en Sudáfrica y de un incremento en España también muy significativo pasando de una incidencia acumulada (IA) de 250 casos/100 000 habitantes el 3 de diciembre, a una IA de 323 casos/100 000 habitantes el 10 de diciembre (una semana más tarde) a una IA de 511 casos/100 000 habitantes el 17 de diciembre (otra semana más tarde), lo que supone un incremento de IA de 188 casos/100 000 habitantes en tan solo 2 semanas. El 3 de diciembre se diagnosticaron en España 66 158 casos; estaban hospitalizados 4 262 casos (%ocupación de cama hospitalaria del 3.12 %) y de ellos 814 requirieron ingreso en UCI (% ocupación cama UCI del 15.09 %) pasando estas cifras en tan solo dos semanas (del día 3 al 17 de diciembre) a 151 425 casos diagnosticados con 6 667 pacientes ingresados (% ocupación cama hospitalaria del 5.35 %), de ellos 1 306 pacientes ingresados en UCI con un % ocupación de camas UCI del 14.03 %.
Esta variante es mucho más transmisible que las anteriores y epidemiológicamente se está viendo un aumento exponencial en el número de infectados, lo que en muy breve plazo llevará a una saturación a nivel de asistencia primaria de nuestro débil SNS. Clínicamente también está repercutiendo en la morbilidad, con un incremento de 2 405 casos hospitalizados en dos semanas, y con un incremento de pacientes ingresados en Unidades de Cuidados Intensivos (UCI), de 492 casos también en dos semanas, (período del 3 al 17 de diciembre), siendo en el momento actual el porcentaje de ocupación de camas UCI del 14 %. La mortalidad no está todavía claramente documentada, aunque es de esperar una mayor mortalidad debido al porcentaje de mortalidad estimado en UCI de los pacientes Covid del 31 %.
«La gravedad de la enfermedad en los seres humanos no está determinada solo por la replicación del virus, sino también por la respuesta inmune del huésped a la infección, que puede conducir a una desregulación del sistema inmunológico innato, es decir, a una tormenta de citoquinas»
Esta variante es preocupante por varios motivos. Primero debido a que la nueva variante ómicron presenta gran cantidad de mutaciones a lo largo de su genoma que hace a esta variante más transmisible y en teoría más agresiva ya que el aumento en la carga viral se traduce en un daño más severo en los tejidos afectados. No obstante, en relación con este punto en un reciente estudio de la Facultad de Medicina Li Ka-Shing de la Universidad de Hong Kong, “esta variante Ómicron infecta y se multiplica 70 veces más rápido que la variante Delta, en los bronquios humanos, lo que puede explicar por qué ómicron puede transmitirse más rápido entre los humanos que las variantes anteriores. Sin embargo, la infección de Ómicron en el pulmón es significativamente menor que la de la cepa original, lo que puede ser un indicador de una menor gravedad de la enfermedad”. No obstante, hay que tener en cuenta que la gravedad de la enfermedad en los seres humanos no está determinada solo por la replicación del virus, sino también por la respuesta inmune del huésped a la infección, que puede conducir a una desregulación del sistema inmunológico innato, es decir, a una tormenta de citoquinas.
En segundo lugar y más importante porque las llamadas “vacunas” que actualmente se suministran están desarrolladas conceptualmente para las primeras mutaciones simples iniciales del virus por lo que su efectividad puede resultar muy disminuida con tantas modificaciones estructurales a nivel de la espícula S, lugar de unión del virus con las células ACE2 humanas.
Lo que si está claro es que hay que potenciar de nuevo todas las medidas sociales y de salud pública habituales como potenciar el uso de las mascarillas, mantener la distancia de seguridad, estar en lugares ventilados y potenciar el empleo de los test de diagnóstico habituales (PCR y test de antígenos), y seguir con las pocas armas que seguimos teniendo para combatirlo como son con las vacunaciones tanto primarias como de refuerzo.
Todavía desconocemos cómo se comporta esta nueva variante. No sabemos si se replica más rápidamente dentro de una persona infectada que las anteriores variantes. No sabemos si provoca una enfermedad más grave en los pacientes no vacunados. Tampoco sabemos si puede evadir las defensas inmunológicas del cuerpo. Ni sabemos si tiene un impacto negativo en la eficacia de estas “vacunas” actuales.
diciembre 27/2021 (Redacción Médica)
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